Prima della sepoltura un’autopsia effettuata dallo stesso Fuschini precisa che il cadavere era gravido di un feto di sei mesi, e conferma l’ipotesi di strangolamento. I gendarmi effettuano indagini per scoprire chi sia la donna sepolta alla Pastorara; qualcuno degli inquisiti li informa che si tratta di Anita Garibaldi, che era stata ospitata prima di morire in casa Ravaglia. Il 14 agosto l’ispettore di polizia Zeffirino Socci provvede a far arrestare i fratelli Ravaglia, Stefano e Giuseppe, sotto l’imputazione di correità in omicidio e per aver dato ospitalità a Garibaldi, contravvenendo alla notificazione Gorzkowski (emanata il 5 agosto 1849 dal generale austriaco Gorzkowski, governatore di Bologna), considera complici coloro che avessero scientemente aiutato Garibaldi e i suoi.

Data l’importanza dell’inchiesta il delegato Alberto Lovatelli assume personalmente la direzione delle indagini che tuttavia prendono improvvisamente un diverso indirizzo, contraddicendo le ipotesi formulate dal Fuschini.
Si esclude che la morte di Anita sia dovuta a strangolamento, si accerta che è avvenuta per cause naturali e più precisamente per febbre perniciosa, si scagionano i Ravaglia che il 7 settembre, dopo un breve processo, vengono messi in libertà dal presidente del tribunale Giuseppe Guaccimanni. Lo stesso prof. Fuschini ritratta le sue prime deposizioni, dicendo di aver confuso segni dovuti presumibilmente alla decomposizione con tracce di strangolamento.

I fratelli Ravaglia vengono anche scagionati dall’accusa di aver dato asilo a Garibaldi perché l’ospitalità era stata concessa il giorno precedente l’emanazione della notificazione Gorzkowski.
Questa completa e chiara riabilitazione non chiude però la questione. Le autorità pontificie sono convinte che non si potevano giudicare soddisfacenti le dichiarazioni di coloro che si dicevano testimoni dell’evento. Intorno al reale svolgimento della vicenda si creò presto una sorta di cortina fumogena per la necessità di tener celati particolari che avrebbero potuto rivelarsi compromettenti per molti di coloro che, per il loro contributo alla fuga di Garibaldi, rischiavano di essere imputati di gravi reati. Se il delegato pontificio di Ravenna Lovatelli informava il commissario straordinario Bedini che non vi era stata causa dolosa nella morte di Anita, l’ispettore di polizia Socci dichiarava allo stesso Bedini di essere pronto a provare il contrario.