I docenti di Medicina erano divisi in due partiti: i conservatori, tra cui si segnalavano il ginecologo Johann Klein e Anton von Rosas, amici di Metternich e avversari dei nuovi metodi di insegnamento che in quegli anni si andavano diffondendo, e i liberali.
Tra questi ultimi, quattro erano le punte di diamante: il severo e austero internista Joseph Škoda, Karl von Rokitansky e il suo allievo Jakob Kolletschka, eminenti anatomo-patologi, e il dermatologo Ferdinand von Hebra, che diventerà il più caro e sincero amico di Semmelweis.
Ignaz, preso dalla sete di sapere e di scienza, si avvicinò inevitabilmente ai docenti liberali diventando allievo di Škoda e Kolletschka e si laureò nel 1844 con una tesi dal titolo La vita delle piante.

L’anno successivo conseguì il titolo di Maestro in Chirurgia, continuando la sua promettente carriera, e si dedicò, quindi, alla ricerca di un lavoro; a questo punto, però, arrivarono le prime delusioni, che influiranno negativamente sul già fragile e inquieto giovane medico. Sia Kolletschka che Škoda non avevano posti di assistente a disposizione nei loro reparti e Naci fu costretto a ripiegare sulla Ginecologia, allora considerata una branca secondaria della Medicina. Dopo aver conseguito i necessari titoli, e grazie all’interessamento dei suoi maestri, Semmelweis, il 27 novembre 1846, venne assunto al Wiener Allgemeines Krankenhaus (Ospedale Generale di Vienna) come assistente della Prima Clinica Ostetrica, diretta proprio da quel Johann Klein che abbiamo visto paladino dei conservatori e buon amico del principe Metternich.
Per la verità, Klein non aveva molte intenzioni di prendere con sé Semmelweis, ma le pressioni di Škoda, Rokitansky e Kolletschka furono tali che il vecchio ginecologo non poté rifiutarsi.

Per Ignaz fu la svolta: lavorando come ginecologo, infatti, si trovò ad affrontare la patologia che diventerà l’interesse, e forse l’ossessione, della sua intera vita, ovvero la febbre puerperale.
All’epoca questa terribile infezione era un vero flagello e la Medicina totalmente impotente a combatterla: dal 15 al 30% delle madri, infatti, morivano tra atroci tormenti nei giorni immediatamente successivi al parto! Varie ipotesi erano state avanzate per spiegare l’eziopatogenesi della malattia, chiamando in causa le motivazioni più varie, da generici miasmi, all’ipersensibilità psicologica delle partorienti, fino a considerarla una vera e propria malattia epidemica, tipo il vaiolo, come sembrava dimostrato dal suo apparente andamento stagionale.
Ma erano solo vane teorie.