1860 Rientrato a Bologna gli viene nuovamente affidato l’insegnamento di Meccanica applicata all’università, incarico da cui viene destituito nel 1864, essendosi rifiutato di prestare il giuramento imposto dal governo.
Nello stesso anno è tra i fondatori della Società Operaia maschile di mutuo soccorso, di cui tiene la presidenza nel 1863-64 e nel 1866-68, e al cui interno si impegna soprattutto attorno alle questioni riguardanti l’istruzione e il lavoro, dando anche vita a primi esperimenti cooperativi.

1866 Partecipa come volontario garibaldino alla terza guerra d’Indipendenza, rimanendo ferito nel Trentino.
Rientra all’Università come libero docente di Meccanica e idraulica applicata.

1867 Partecipa con Garibaldi alla spedizione nel Lazio. Nell’occasione costruisce quelle barricate mobili che consentono a Garibaldi la vittoria di Monterotondo.
Nello stesso anno viene eletto nel Consiglio comunale di Bologna, dove verrà confermato fino alla morte.

1868 Si dimette dall’università per solidarietà con G. Ceneri, V. Caldesi e G. Carducci, sospesi dall’insegnamento per aver firmato un indirizzo augurale a Mazzini. Inizia da allora a tenere conferenze popolari per la divulgazione delle scienze, in particolare dell’astronomia.

1871 Viene eletto nel Consiglio provinciale di Bologna per il Mandamento di Budrio, carica che gli verrà confermata fino al 1894.

1871-1874 Esce L’universo. Lezioni popolari di filosofia enciclopedica.

1876 Viene eletto alla Camera dei Deputati, dove siede sui banchi della Sinistra. Riconfermato nelle legislature successive fino al 1890. Non eletto nel 1890, torna a Montecitorio nel 1892. Nella sua veste di parlamentare non esita a distinguersi nell’affrontare i temi legati ai diritti di libertà e alla questione sociale, spesso anche in disaccordo con maggioranza di governo.

1880-1883 Escono Dio liberale. Sintesi scientifica ed istorica e Dio esiste. Sintesi enciclopedica, opere a cui affida il suo credo religioso riproposto anche ne La Bibbia sociale e Sintesi della storia universale e specialmente della storia italiana dagli antichissimi tempi all’anno 1882, una storia costruita secondo i suoi concetti filosofico-religiosi e coincidenze cronologiche.

1883 In Parlamento svolge un importante intervento sulle bonifiche, questione a cui si era dedicato da tempo e intorno a cui aveva pubblicato Sulle bonifiche romane proposte dal generale G. Garibaldi. Considerazioni e Le bonifiche del Tevere e Agro Romano.

1894 Muore a Bologna il 18 dicembre.


_{Immagine nella pagina:
Ritratto di Quirico Filopanti in divisa garibaldina, Museo civico del Risorgimento, Bologna}