In seguito, quando Ludovica sarà interrogata sulle circostanze della domanda di matrimonio, si limiterà a rispondere: Non si rifiuta un imperatore d’Austria, formula che possiede il vantaggio della franchezza e che getta una luce meno poetica sulla situazione. Appena consultata, Elisabetta può solo ripetere: Amo molto l’imperatore! Se solo non fosse imperatore… Le nozze vengono celebrate in pompa magna il 24 aprile 1854, a Vienna, nella chiesa degli Agostiniani, situata nelle più strette vicinanze della Hofburg, la residenza degli imperatori d’Austria.

La luna di miele trascorre in modo molto triste: tenuta lontana dal marito, che non può rimandare assolutamente gli affari di Stato, Sissi viene costantemente sorvegliata dalla suocera.

Fin dai primissimi giorni l’arciduchessa Sofia si prefigge il compito di educarla come si conviene al suo rango non permettendole alcun tipo di libertà e di intimità familiare. Malvolentieri e in preda ad una profonda tristezza, Sissi inizia ad osservare le regole imposte dalla corte, anche se non trova giustificata la rigida etichetta. Le condizioni di salute di Sissi mutano drasticamente. L’imperatrice è afflitta per mesi da violenti attacchi di tosse e cade preda di stati ansiosi quando deve scendere scale molto strette. E’ senz’altro probabile che questi continui fenomeni patologici abbiano origini di natura psichica. Si sente prigioniera in una gabbia dorata. I gioielli, i bei vestiti sono solo un peso per lei. Desidera la libertà della sua infanzia e la nostalgia di casa si fa più pressante. L’unica persona che cerca di aiutarla, suo marito, è sempre assente a causa degli impellenti affari di Stato e non ha tempo di arginare i contrasti tra la madre e la moglie.

Nella prima fase del matrimonio nascono tre figli: Sofia, Gisella, Rodolfo. La suocera ritiene Elisabetta troppo giovane ed immatura per calarsi nel ruolo di madre e la estromette da qualsiasi pratica riguardante i bambini. Gli appartamenti dei principini vengono situati vicini a quelli dell’arciduchessa Sofia e sono molto lontani da quelli della madre. Sissi non può scegliere i loro nomi e neppure allattarli. Cresciuta in una famiglia numerosa e abituata a stare insieme ai suoi fratellini, reagisce molto male a queste nuove imposizioni e cerca in tutti modi di contrastarle.

Durante una visita ufficiale della coppia reale in Ungheria la piccola Sofia, di soli due anni, muore a causa della sua debole costituzione e per le fatiche del viaggio.

Sissi, che aveva insistito molto per portare con sé le due figliolette, viene assalita dai sensi di colpa e si disinteressa totalmente, dal quel momento in poi, dell’educazione dei figli lasciando il compito all’arciduchessa Sofia, che sopraffatta dal dolore per la perdita della sua nipotina preferita, lancia accuse nei confronti della nuora.

Una decina di anni dopo, quando Elisabetta è più matura e indipendente, la nascita di un’altra figlia, Maria Valeria, le farà capire cosa significa essere madre. Sissi amerà questa bambina a tal punto da chiamarla l’Unica suscitando le gelosie del fratello Rodolfo, isolato e trascurato dai genitori.