Si reca quindi a Taormina, dove Garibaldi si sta apprestando a muovere il suo esercito via mare per sbarcare in Calabria. Bixio assume il comando della nave da trasporto
Torino, sulla quale si imbarcano tremila uomini. Raggiunta la costa calabra, spinge il Torino a tutto vapore portandolo a pochi metri da terra, arenandolo.
E due! grida furibondo Garibaldi, cominciando a dubitare, memore anche della vicenda del Lombardo, delle capacità marinare di quello che aveva definito a Quarto
Il Nocchiero dei Mille. Il 21 agosto conquista Reggio Calabria: nel corso degli scontri ha il cavallo ucciso da nove fucilate e viene ferito al braccio sinistro. Arresesi senza combattere le piazzeforti vicine, prosegue su Cosenza, mentre Garibaldi entra a Napoli.

Furibondo per non essere riuscito ad imbarcare per tempo i propri uomini a Paola, perde le staffe bastonando alcuni dei suoi soldati che si erano addormentati, uccidendone uno. Salito a bordo di un vascello che doveva trasportarlo, litiga col vicecomandante e nella rissa che ne segue uccide due marinai. Viene quindi posto agli arresti e solo l’intervento di Garibaldi, che lo mette in disparte lasciandolo per un certo periodo a Paola, lo salva dal giudizio del Consiglio di Guerra.
Bixio riappare a Napoli, alla vigilia della battaglia del Volturno. Con i suoi uomini si posiziona a Maddaloni e, grazie ad un attacco alla baionetta da lui condotto contro i temibili veterani bavaresi al servizio di Re Francesco, impedisce all’esercito borbonico di sfondare le linee garibaldine e di proseguire su Caserta e Napoli. Il giorno successivo vedrà la definitiva sconfitta dell’esercito borbonico e la conclusione dell’Impresa dei Mille. A Bixio resterà anche una brutta frattura alla gamba, dovuta ad una caduta da cavallo, a causa della quale rimarrà claudicante per il resto della vita. Nel 1861 viene eletto deputato del 2° Collegio di Genova nel primo Parlamento d’Italia. Allo scoppio della III Guerra d’Indipendenza è al comando della 7^ Divisione. Nel 1870, in occasione della presa di Roma, viene incaricato di marciare su Civitavecchia e, il 20 settembre, di occupare Porta San Pancrazio. Quella sarà la sua ultima operazione militare.
Negli ultimi anni di vita tornerà alla navigazione. Fatto costruire tra mille difficoltà e mille debiti il bastimento
Maddaloni, In memoria del fatto d’armi del 1860, lo affitta al governo olandese. Trasporta quindi truppe a Sumatra, dove era scoppiata una ribellione, e lì si ammala di colera. Muore il 16 dicembre 1873 e viene sepolto sulla spiaggia, in un vecchio cassone in ferro per l’acqua. Anche da morto darà filo da torcere: la sua tomba viene profanata da indigeni in caccia di tesori e uno di loro muore, infettato dal colera. Il sopravvissuto darà le indicazioni per il recupero di ciò che resta del corpo. Le sue spoglie torneranno in patria nel 1877 e verranno tumulate con cerimonia solenne nel cimitero di Staglieno.
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Lo sbarco dei Mille a Marsala